Музей был создан в 1884 году как Музей Общества изучения Амурского края, объединившего исследователей, общественных деятелей и коллекционеров. В сентябре 1890 года здание первого Музея было открыто для посетителей. Сегодня во Владивостоке есть возможность посетить четыре площадки музея: Главный корпус на пересечении улиц Светланской и Алеутской, Музей Города на ул. Петра Великого, 6, Дом путешественника В. К. Арсеньева на ул. Арсеньева, 7б и Дом чиновника Суханова на ул. Суханова, 9.